Selection of parent trees for Rubber (Hevea brasiliensis) breeding based on RAPD analysis

Fetrina Oktavia, Mudji Lasminingsih, Kuswanhadi

Abstract. Oktavia F, Lasminingsih M, Kuswanhadi. 2011. Selection of parent trees for Rubber (Hevea brasiliensis) breeding based on RAPD analysis. Nusantara Bioscience 3: 124-129. The parent trees’ clones usually originate from the previous generation having the potential of high production with better agronomical characters. Although, phenotype characters can determine the genetic variability among accessions, they are highly sensitive to environmental factors, so it is often difficult to identify the difference between closely related clones. The genetic variability or phylogenetic relationships among rubber clones can be analysis using RAPD method, and based on the result, the parent trees can be selected. This research was aimed to analyze the genetic distance among rubber clones using RAPD method. Analysis was conducted on 45 rubber clones with 12 random primers. Pair-wise comparisons of unique and shared polymorphic amplification products were used to generate similarity coefficients. These coefficients were employed to construct a dendogram by using an Unweighted Pair-Group Method with Arithmetical Averages (UPGMA). The amplification of genomic DNA from 45 clones yielded 2408 DNA fragments, ranging in size from 250 bp to 3000 bp. The range of genetic similarity matrix was very wide (59.18%-94.23%). It indicated that most of the clones have a low level of polymorphism. The lowest genetic similarity (59,18%) was found between RRIC 110 and AVROS 352 clones, while the highest (94.23%) was between IRR 41 and IRR 42 clones. Cluster analysis showed that 45 clones of rubber were divided into two groups, the biggest group consisted of 30 clones, while the other one consisted of 15 clones with a genetic similarity value of 0,73.

Key words: rubber, RAPD, hand pollination, hevea breeding, parents trees.

Abstrak. Oktavia F, Lasminingsih M, Kuswanhadi. 2011. Pemilihan pohon induk untuk pemuliaan karet (Hevea brasiliensis) berdasarkan analisis RAPD. Nusantara Bioscience 3: 124-129. Klon-klon yang digunakan sebagai pohon induk biasanya berasal dari generasi sebelumnya yang memiliki potensi produksi tinggi dengan karakter agronomi yang lebih baik. Karakter fenotipe dapat menentukan variabilitas genetik di antara aksesi, namun sangat sensitif terhadap faktor-faktor lingkungan, sehingga sering kali sulit untuk mengidentifikasi perbedaan antar klon. Variabilitas genetik atau hubungan kekerabatan antar klon karet dapat analisis dengan menggunakan metode RAPD, dan berdasarkan hasil analisis tersebut klon-klon tetua dapat dipilih. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis jarak genetik antar klon karet dengan menggunakan metode RAPD. Analisis dilakukan pada 45 klon karet dengan 12 primer acak. Perbandingan pita polimorfik hasil amplifikasi digunakan untuk menghasilkan koefisien kesamaan. Koefisien ini berguna untuk menyusun dendogram dengan menggunakan Unweighted Pair-Group Method with Arithmetical Averages (UPGMA). Amplifikasi DNA genom dari 45 klon menghasilkan 2408 fragmen DNA yang berukuran 250-3000 bp. Kisaran matriks kesamaan genetik cukup luas (59,18%-94,23%). Hal ini menunjukan bahwa sebagian besar klon memiliki tingkat polimorfisme yang rendah. Kesamaan genetik terendah (59,18%) ditemukan antara klon RRIC 110 dan AVROS 352, sedangkan yang tertinggi (94,23%) antara klon IRR 41 dan IRR 42. Analisis pengelompokkan menunjukkan bahwa 45 klon karet terbagi menjadi dua kelompok, kelompok terbesar terdiri dari 30 klon, sedangkan yang lain terdiri dari 15 klon dengan nilai kesamaan genetik 0,73.

Kata kunci: karet, RAPD, persilangan buatan, pemuliaan karet, pohon induk.

Download Full Text

This entry was posted in Jurnal. Bookmark the permalink.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *